考古植物学是环境考古学的分支学科之一，侧重于分析来自考古遗址的植物遗存。一般而言，考古植物学包括多个研究领域，可根据所分析的植物材料而有不同名称。考古植物遗存分为大植物遗存(种子、果实和木炭)与微植物遗存(植硅体、淀粉粒和花粉)。大植物遗存多数情况下通过浮选法采集，即利用水流将炭化植物遗存从土样中分离出来。除炭化之外，还会根据植物在考古遗址中的保存条件(如冻结、饱水、干燥)采用其他采集方法。

当前的考古植物学研究涵盖众多课题。自该学科创立之初，饮食习惯与生计经济便一直是研究者广泛关注的问题。过去的植被与环境条件也是常见的研究课题，尤其通过花粉和木炭分析加以研究。以畜粪作为烹饪或取暖燃料，以及如何通过考古植物学研究方法加以识别，是一场持续已久的讨论的组成部分。就植物微遗存而言，植硅体与淀粉粒分析能够提供有关过去饮食习惯的重要信息。

菲尼克斯考古植物学研究的目标可归纳为三个相互关联的主题：农业生态、植物多样性，以及聚落周边自然资源的利用。农业生态主题主要关注与菲尼克斯作物生产和过去农业实践相关的研究问题。这是理解聚落历史上农业实践如何组织以及耕地生态条件的重要研究领域。聚落周边可见的农业梯田，是为提高农业生产力而形成的显著景观特征之一。此外，其他研究课题还将包括植物生物多样性与自然资源的利用。菲尼克斯及其周边拥有约2000个分类单元，植物生物多样性极为突出。除一种特有棕榈(Phoenix theophrasti)之外，东方枫香树(Liquidambar orientalis)在东地中海仅于该地区形成纯林。在此情况下，运用考古植物学研究方法记录植物生物多样性，对于了解菲尼克斯古代居民如何利用这些自然资源而言，成为一项重要任务。