L’archéobotanique est l’une des disciplines de l’archéologie environnementale qui se concentre sur l’analyse des restes végétaux provenant de sites archéologiques. En général, l’archéobotanique comprend divers domaines d’étude, qui peuvent être nommés différemment selon les matériaux biologiques qu’ils analysent. Les restes végétaux archéologiques sont classés en macro-restes (graines, fruits et charbons de bois) et micro-restes (phytolithes, amidon et pollens). Les macro-restes sont récupérés, dans la plupart des cas, par flottation à l’eau, une méthode qui consiste à séparer les plantes carbonisées de la matrice du sol grâce au flux de l’eau. D’autres méthodes de récupération sont également utilisées selon les conditions de conservation respectives.

Les études archéobotaniques actuelles couvrent un grand nombre de thèmes de recherche. La subsistance végétale est largement abordée par les archéobotanistes depuis les tout débuts de la discipline. La paléovégétation et les conditions environnementales passées sont également des sujets récurrents dans la littérature archéobotanique, notamment à travers les analyses de pollens et de charbons de bois. L’utilisation de combustibles fait l’objet d’un débat de longue date en archéobotanique, en particulier concernant la combustion de fumier comme combustible et la manière d’identifier le fumier dans le matériel végétal. Dans le cas des micro-restes végétaux, les analyses de phytolithes et d’amidon fournissent des informations importantes sur les anciennes habitudes alimentaires.

Les objectifs de la recherche archéobotanique à Phoenix peuvent être classés en trois thèmes interconnectés : l’agroécologie, la biodiversité végétale et l’utilisation des ressources naturelles. Le thème de l’agroécologie ciblera principalement les questions de recherche liées à la production agricole et aux pratiques agricoles passées à Phoenix. Il s’agit d’un domaine de recherche important pour comprendre comment les pratiques agricoles passées étaient organisées et quelles étaient les conditions écologiques des terres arables durant la période d’occupation. Les terrasses agricoles constituent des éléments paysagers remarquables autour du site, témoignant de la modification humaine des paysages naturels dans le but d’augmenter la productivité agricole.