Археоботаника — дисциплина экологической археологии, занимающаяся анализом растительных остатков с археологических памятников. Она включает различные направления, которые могут называться по-разному в зависимости от исследуемого растительного материала. Археологические растительные находки делятся на макроостатки (семена, плоды и древесный уголь) и микроостатки (фитолиты, крахмал и пыльца). Макроостатки обычно извлекаются флотацией — методом, при котором обугленные растительные остатки отделяются от образца грунта благодаря своей плавучести в воде. В зависимости от условий сохранности растительных остатков на памятниках — например, замёрзших, водонасыщенных или высохших — применяются и другие методы извлечения.

Современные археоботанические исследования охватывают множество тем. Пищевые привычки и натуральное хозяйство относятся к важнейшим направлениям и изучаются с разных точек зрения. Прежняя растительность и условия окружающей среды прошлого также часто исследуются с помощью анализа пыльцы и древесного угля. Использование навоза в качестве топлива для приготовления пищи или отопления и вопрос о том, как его можно выявить археоботаническими методами, давно являются предметом научных дискуссий. Для растительных микроостатков анализ фитолитов и крахмала даёт важные сведения о пищевых привычках прошлого.

Исследовательские цели археоботанических работ в Фениксе можно разделить на три взаимосвязанные темы: агроэкология, растительное разнообразие и использование природных ресурсов в окрестностях поселения. Агроэкология сосредоточена прежде всего на вопросах растениеводства и прежних сельскохозяйственных практик в Фениксе. Это важное направление для понимания того, как была организована сельскохозяйственная деятельность на протяжении существования поселения и какими были экологические условия пригодных для обработки земель. Видимые вокруг поселения сельскохозяйственные террасы относятся к заметным элементам ландшафта, служившим повышению продуктивности земледелия. Другие темы исследований — растительное разнообразие и использование природных ресурсов. В Фениксе и его окрестностях около 2000 лет складывается исключительное растительное разнообразие. Наряду с пальмой Phoenix theophrasti в этом регионе образует насаждения восточная ликвидамбар (Liquidambar orientalis), которая в Средиземноморье встречается только здесь, в восточной его части. С учётом этого разнообразия важной задачей является документирование растительного мира археоботаническими методами и изучение того, как прежние жители Феникса использовали эти природные ресурсы.